このスペクトルを
PC上で処理したい
Copyright: A.Asano
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VnmrJはFIDデータ
み保存 (default)
の
/export/home/vnmr1/
vnmrsys/data/??/の下に
(??は任意)
SBR-test-207Pb.fidなど
のように名前がついた
directoryを作成して、
その下に
fid
log
procpar
text
の4つのファイルを保存
Linuxでは
/home/vnmr1/vnmrsys/??
となります。
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1.
FIDを転送してきて、PC上でFTする。
(竹NMR(無料)や市販の科学系のアプリケーション)
2. マクロのwritespecを使って、欲しい領域をアスキー型
に変換。
3. FTしたデータをPC上に転送(ちょっと工夫が必要)。
4. マクロのsvspecを使って、FIDをFTした後のデータを
バイナリ型で保存。
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VnmrJはFIDデータ
み保存 (default)
の
/export/home/vnmr1/
vnmrsys/data/??/の下に
(??は任意)
SBR-test-207Pb.fidなど
のように名前がついた
directoryを作成して、
その下に
fid
log
procpar
text
バイナリ転送
アスキー転送
1.
FIDを転送してきて、PC上でFTする。(竹NMR)
Styleで
VNMRを
選択
xxxx.vnd
xxxx.vnp
の4つのファイルを保存
化学シフト値は計算
してくれないので、
目安のピークの化学
シフト値をメモって
おく。
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FTするときには
point数を2の累乗
に修正する!
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2. マクロのwritespecを使って、欲しい領域をアスキー型に変換。
まずは拡大
この時の、cr(左端のppm)とcr+delta
(右端のppm)がテキストファイル中の
1行目と2行目に書き込まれます。
writespec(‘test20091001.vdt’)
y軸方向の強度データは
vsに依存します。
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/export/home/vnmr1/
の下に作成。
もっと使いやすくする
ためにはDr. 芦田に聞く。
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左端(1点目)の化学シフト値
右端(N点目)の化学シフト値
1点目からN点目までの
強度データ(Y軸の値)
こいつをPC上に
アスキー転送
します。
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Dr.芦田 修正版
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読み込んだ例
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3.
FTしたデータをPC上に転送(ちょっと工夫が必要)。
/export/home/vnmr1/vnmrsys/
あるいは
/home/vnmr1/vnmrsys/
の下にexp18というフォルダが
あります。
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/export/home/vnmr1/vnmrsys/
あるいは
/home/vnmr1/vnmrsys/
ところが、exp18のデータを取得したい
ときにVnmrJ上のviewpointの中にexp18
を読み込んでいると、FT後のpointの4倍
になりません!
そこで、FTしたら、viewpointからexp18
をはずします。
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FT後のpointの4倍
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viewpoint1に例えばexp19の
データを読み込む
Exp18以外なら
なんでもOK
Exp18のデータをviewpoint1
に読み込んでいます。
全てのviewpointからexp18
を除く必要があります。
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2つのファイルをPC上にFTP転送する。
curparはパラメータでtext型なので、アスキーで転送する。
phasefileはFT後のデータでbinary型で転送。
curpar => xxxx.vnp
phasefile => xxxx.vnj
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FT後のpointの4倍
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4. マクロのsvspecを使って、FIDをFTした後のデータをバイナリ型で保存。
svspec
svspec(‘test’)
もっと使いやすくする
ためにはDr. 芦田に聞く。
/export/home/vnmr1/の下に通常の
保存と同様、test.fidというディレク
トリ(フォルダ)を作成し、その下に
fid, log, procpar, textを作成します。
さらにspectrumというFT後のデータ
ファイルも作成。
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/export/home/vnmr1/
あるいは
/home/vnmr1/
2つのファイルをPC上にFTP転送する。
procparはパラメータでtext型なので、アスキーで転送する。
spectrumはFT後のデータでbinary型で転送。
procpar => xxxx.vnp
spectrum => xxxx.vnj
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転送後、PC上の適当な
ディレクトリに入れる。
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"writespec - write a (portion of a) spectrum into an ASCII file"
"
S.L.Patt, 30 March 1993"
"usage: writespec('filename') writes the spectrum from sp+wp to sp"
"
into a file in an ASCII format"
" modified to write start and end 2006-04-10 JA "
$start=0
$end=0
$sp=sp $wp=wp
cr = $sp+$wp
delta = $wp
$start=cr/sfrq
$end=(cr-delta)/sfrq
芦田さんが修正
したwritespec
f $dd=sw-wp
wp=$wp sp=$sp
$res=sw/(fn/2)
if $dd<$res/2 then
$res=sw/(fn/2-1)
endif
if ($#<1) then
write('error','Usage: writespec(\'filename\')')
else
mark('reset')
write('line3','Creating file %s...',$1)
write('reset',$1)
write('file',$1,'%f',$start)
write('file',$1,'%f',$end)
$delta=$res $f=sp+wp
repeat
mark($f):$ht
write('file',$1,'%f',$ht)
$f=$f-$delta
until $f<sp
write('error','Done!')
endif
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おまけ
使っているマクロ
Maclibディレクトリ中に例えば p というファイルを作って axis=‘p’ と書いておく。
p; axis='p'
/* change scale unit to ppm */
h; axis='h'
/* change scale unit to Hz */
k; axis='k'
/* change scale unit to kHz */
lr0; lp=0 rp=0
/* reset phase ph0=0 and ph1=0 */
ds0; dscale(0)
/* reset vertical position of scale to zero */
ff; ds('expand') full
/* expand spectrum to full scale (horizontal) */
d; dssh dssl
/* display series of spectra with # */
a; vsadj ds
/* vertical adjustment of maximum peak to 80% of display size */
st1; dll fp t1 center expl /* calculate T1 */
シェルコマンドの変更
例えば _cshrcというファイルを用意して、中に
alias dir 'ls -alF'
alias rm 'rm -i'
alias dire 'dir | more'
などと書いておく。で、.cshrc ファイルの中
(最後の行の下に書くのがわかりやすい)に
# alias by A.Asano, 2006/Apr/13
# dir, rm, dire
if ( -f /export/home/vnmr1/_cshrc ) then
source /export/home/vnmr1/_cshrc
endif
コメント行
などと書いておくと、Terminalを開くと例えばそれまで
は ls –alF とコマンドを打つのが dir で代用されます。
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ダウンロード

writespecに関してはこちらからパワポファイルをダウンロード!