iGEM Chiba 2009
E. Coli Time Manager
Since 2008
‘09CHIBAは流れと精確性のある
時間差スイッチをつくる!
’08Chiba
他チーム周期時計
・別々の入力であるため、
同一系内での時間の流れ
を表現することができない。
・1通りの時間差しか生み出
せていない。
・周期を系全体であわせるため、シンク
ロシステムを考える必要がある。
・Paris/NYMU/Melbourne どのiGEM
チームもデバイスができていない。
シンクロシステムが必要ない’08Chibaタイマーの
計れる時間の種類・正確性を増すことができれば、
周期時計を使わなくとも時間の流れを表現できる!
時限装置の集合で流れを作る
並列型
直列型
並列・直列の精確性面の特徴
並列型
・順番を追い越す。
・入力が全てのスイッチに入らな
ければ、全てのスイッチが動くと
いうことはない。
・初めの入力で全てのスイッチを
起動することができれば、出力の
時間間隔は一定の時間を保つ事
ができる。
・逆に初めの入力で全てのスイッ
チを起動できなかった場合、出力
の時間感覚は一定の値を保つこ
とができない。
直列型
・順番を追い越さない
・1部分に入力が入ることで全て
のスイッチが連動する。
・全てのスイッチを初めに起動さ
せる必要がないので、出力の時
間間隔が、最初の入力によって
左右されることがない。
並列型
:LuxR Mutant
Σ①!
◎→
pLac-LuxI
pTet-LuxR
pLux-GFP
Σ②!
pTet-LuxR
pLux-GFP
◎→ Σ①!
◎→ Σ②!
並列型:Mutant
parts 作成
◎→ Σ①!
◎→ Σ②!
↑
Wild type よりも30分以上蛍光強度上昇の様子が早まった
or遅れたモノだけ PCRでbiobrick仕様の制限酵素サイトを
つけ、p15Aのプラスミドにのせる。
P15A
LuxR mutant
◎→Σ①!→Σ②!
直列型:
◎→
pLac-LuxI
Lux-Lasカスケード
Σ①!→
pTet-LuxR
pLux-LasI-RFP
Σ②!
pTet-LasR
pLas-GFP
◎→Σ①!→Σ ②!
直列型:Las
Check
↑
昨年度動作を確認していないLasのCheckをします。
K091118 : 千葉にあります
Plac
LasI
K091118 : 注文中です
LasR
plas
GFP
◎→Σ①!→Σ②!
直列型: パーツ作成実験
◎ : LuxI(Sender)
plac
BBa_K084012
を使用。
LuxI
① : LuxR(Receiver ) + Reporter + LasI(Sender)
ptet
LuxR
plux
作成が
必要。
GFP LasI
②: LasR(Receiver) + Reporter
ptet
LasR
plas
GFP LasI
作成が
必要。
◎→Σ①!→ Σ②!
パーツ①
LuxR-pLux-RFP-LasI
直列型:
↑
初号機 : LuxR(Receiver ) + Reporter + LasI(Sender)
ptet
LuxR
plux
RFP LasI
I731012 : 注文中です
ptet
LuxR
C0178
plux
RFP
LasI
1, T9002からPCRでターミネーターを取り除く。(Reverseプライマーデザイン必要)
2, C00178を作成して完成
パーツ②
LasR-pLas-GFP
直列型:
弐号機 : LasR(Receiver) + Reporter
ptet
R0040
pTet
LasR
plas
GFP
K091118 : 注文中です
LasR
1, R0040をつなげる。
plas
GFP
◎→Σ①!→Σ②!
↑
ほしいデータ
デモンストレーション
• 野澤&山本がホワイトボードで説明します。
優先順位
1, LuxR Mutant 選別/データーとり
1, LasI-LasR稼働実験
3, MutantのBiobrick化/データとり
4, デモンストレーション用データとり
4, 直列型作成
各種〆切日
09/18 ・Jamboree attendance fee due
・Request for variance due
・Track selection due
・Project abstracts due
・Team rosters due
10/21 ・Project and part documentation due
・BioBrick Part DNA needs to be received
・Judging form due
・Wiki FREEZE
具体的なスケジュール
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iGEM Chiba 2009